虽然弗洛伊德创立了以无意识为核心的精神分析学说，但无意识的概念并不是他创立的。无意识是印度古代文献中提到的一个概念。而现在我们所说的无意识的概念是在18世纪由德国的几位哲学家提出的。无意识就是连自己都没有意识到的内心，这个概念在当时注重理性与合理性的启蒙主义者当中并没有引起重视，最终因为弗洛伊德，无意识的概念才开始显露出它的光芒。与思辨的哲学家不同，精神医生在治疗患者的过程中所用的无意识的概念更有说服力。感谢弗洛伊德，让我们了解到内心当中的无意识。
地形学模型
弗洛伊德认为人的心理和行为不受理性和合理性意识的支配，相反地受到无意识的影响。并且无意识比意识所占的领域还要大。无意识总在试图上升为意识，而意识一直在对无意识进行防御（防御机制），因此我们的心始终处于意识与无意识相互牵制的紧张状态，就像作用与反作用的规律一样。我们的心就是像这样雏持若各种力的均衡与牵制，这叫做动力（dynamic）。
这种把内心分为意识和无意识领域的划分方法叫做地形学模型，地形学模型当中经常提到的是前意识（preconsciousness）。前意识位于意识与无意识之间，是一种经过一点努力就可以转化为意识的记忆。但是弗洛伊德将前意识看做无意识的一部分，因此在精神分析中，前意识并不是非常重要的。
地形学模型常被比喻为大海中的冰山，水面以上能看见的部分虽然很小，但是在水面以下的部分是巨大无比的，就像我们所能认识到的意识只是我们内心世界很小的一部分。精神分析当中为了说明无意识的重要性，经常以泰坦尼克号为例。1912年泰坦尼克号首航时就是因为只看见了水面以上的冰山，忽视了水面以下的部分，因而没有采取措施，最终导致了1500多人丧生，轮船也沉人了北大西洋。我们如果忽视了自己内心当中的无意识，也会像泰坦尼克号那样造成严重的后果。
为什么对无意识的认识和处理那么重要呢？意识牵制无意识的理由又是什么呢？这是由无意识的内容决定的。弗洛伊德在治疗神经症（神经症与精神症）的过程中发现了无意识的内容与性（sex）和攻击性（aggression）有关。
弗洛伊德认为，人从一出生开始，为了生存需要，本性当中就带有性与攻击性的动力事，而这很难被社会所接受。在这样的矛盾当中，人们选择压抑动力，从而形成了无意识。无意识的形成最具代表性的例子就是恋父情结和恋母情结（心理性发展）。这一时期的孩子具有强烈的对异性家长的性冲动和对同性家长的攻击性，但迫于杀害近亲的禁忌而最终转化为无意识。
试图意识化的无意识
无意识一刻不停地想要上升为我们的意识。此时，如果意识能够很好地进行防御就不会产生什么问题，而一旦产生了问题，无意识进人意识的领地，我们的内心就会启动另一项机制来进行自我防御。
代表性的机制是将无意识变为精神障碍（异常心理学）的症状。弗洛伊德主要治疗的一种患者是歇斯底里症率（身体型障碍）患者，这类患者虽然没有生物学上的异常，但存在感觉器宫异常或麻痹的症状。弗洛伊德在对这些患者进行治疗时发现，这种症状是防止无意识进行意识化的一种方法，通过长时间的治疗，他们在面对自己的无意识时能够进行净化，最终症状消失。
令侵入意识的无意识外显的其他方法还有失误行为和梦。弗洛伊德在他的著作《日常生活中的精神病理学》当中指出，每一个失误行为都有理由。看起来虽然只是单纯的错误和过失，但是仔细分析就能发现，这是无意识的欲望介入的结果。
另外，在意识放松警楊的睡眠状态下，无意识就通过梦的形式进人意识中。此时，无意识并不是以本来的面貌进入，而是通过一种叫做梦工作（dream work）的过程进行了数次的歪曲和夸张。由此能够知道，无意识的内容对意识是非常有威胁性的。梦工作是指将能够显示无意识本来面貌的潜在梦（latent dream）转变为能够被意识所接受的显在梦（manifest dream）的工作过程。我们能够记住的梦是显在梦而不是潜在梦。因此，为了了解真正的梦—潜在梦，就需要对梦进行解析和分析。这就是弗洛伊德最著名的学术著作《梦的解析》当中的主要内容。
无意识的意识化
弗洛伊德指出，精神分析治疗的目的是将无意识意识化。将无意识意识化的理由是，性与攻击性本身并不是不好的，如果好好加以利用，会成为对我们来说很必要的东西。为了将无意识意识化，首先要接近无意识，然后要将其分析和解析到意识能够接受的程度。
弗洛伊德为了接近无意识，最初采用了催眠的方法，但由于催眠的限制性，从1896年开始他放弃了催眠的方法，改用自由联想。他曾说过：“梦是通往无意识的捷径。”
通过多种方式接近无意识并将其意识化的精神分析的治疗过程对来访者来说是痛苦的。封锁在无意识当中的会是怎样令人难受和不愿承认的想法！因此，来访者虽然希望治愈由无意识带来的精神障碍的症状，但另一方面，又想要停止对无意识的意识化，这种过程中体现出一种抵抗率。而精神分析师只有正确把握这种抵抗的意义，才能顺利进行无意识的意识化。
构造模型
抵抗的概念是弗洛伊德理论迈上新台阶的一个基石。弗洛伊德最初认为抵抗是无意识的过程，就像为了阻止无意识意识化而产生的精神障碍症状一样，抵抗也是无意识过程中产生的。
但弗洛伊德在对各种各样的患者的治疗过程中发现，很多患者的抵抗是有意的、意识中的，他还发现存在一种可以轻易意识化的记忆（无意识）。通过这一连串的体会，弗洛伊德开始怀疑将内心单纯分为意识和无意识的正确性，最终他修正了心理模型，这就是构造模型（structural model）。
构造模型设定了本我、自我、超我等心理构造物。追求快乐的本我产生了性和攻击性冲动，要求自我做出行动，自我不能随便答应本我的要求，因为也许这种要求从现实来说是不可能的，或者也要看社会规范和自我之上的超我的意见。超我要求自我按照社会一般要求行动，自我在这两种力量之间维持着适当的均衡，同时面对多种冲突。构造模型也像地形学模型一样设定了动力。弗洛伊德指出，这种心理构造随着心理发展阶段的提高而逐渐形成。
弗洛伊德这个新的模型是要将原来的地形学模型替换掉吗？并不是的。地形学模型在精神分析当中还是很重要的概念，弗洛伊德认为两种模型可以并存。弗洛伊德曾阐述道，本我完全存在于无意识的领域中，自我和超我在无意识、前意识和意识领域都有所涉及。
地形学模型当中，为了防御无意识的意识化而产生了精神障碍症状；而构造模型当中，自我为了在本我的威胁中保护自己而制造了精神障碍症状。从治疗目的来看，地形学模型是要将无意识意识化；而构造模型是要強化自我的力量，从而好好管理本我，也就是将本我变成自我。
多种观点
弗洛伊德认为每个人的经历和欲望不同，无意识的内容也不同；而弗洛伊德的同事，后来的分析心理学的创始者荣格却提出了人们共通的集体无意识的概念。荣格虽然也将个人无意识设定为内心的一个领域，但与之相比，他认为集体无意识更加重要。
弗洛伊德和荣格的理论受到科学家或心理学家的批判的一个重要原因是无意识这个概念。自己都不知道的内心活动是无法测定的，不仅如此，合理的、理论性的假设也无法提出。因此无意识的概念与以理论实证主义（行为主义）和反证可能性（精神分析）为核心的现代科学方法不相适应。
认知心理学中曾一度出现能够测定无意识的主张。因为出现了在阈下刺激 *或我们无法知觉的对象经常出现的情况下，我们的心理和行为受到影响的证据。与此同时，隐性记忆的发现也为弗洛伊德科学地接近无意识的可能性提供了支持。实际上很多人认为广告对人的无意识有影响。
但这些主张没过多久就被废弃了，因为认知心理学和精神分析一样受到批判。自己都不知道的内心是这两个理论的共同点，但两个理论根本的设定是不同的。换句话说，认知心理学是信息处理，精神分析是从被压抑的欲望中看无意识。此后，认知心理学家们为了界定在不自觉的状态下处理信息的意识水准而提出了潜意识的表达方式来代替无意识。
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